1981 年出版了第1期和第2期。创刊之后,立即引起了系统科学领域的广泛关注,得到了迅速蓬勃的发展。国家最高科技奖得主吴文俊院士有关数学机械化机器证明的奠基性论文就发表在《系统科学与数学》1984年第4卷第3期上。
1987 年《系统科学与数学》正式成立第一届编委会,每四年一届。
1988 年 8 月,根据国内外系统科学与数理科学的科学技术与教学工作者及其他各方专家学者的需求,又创立了英文版,名为“Systems Science and Mathematics” (ISSN 1000-9590),中文译为“系统科学与数学(英文版)”,国内外公开发行,季刊,每期也是 96 页,论文内容与中文版互不重复,国外由 Allerton 出版公司发行,主编也由陈翰馥院士担任。英文版的创立,促进了系统科学与数理科学领域国内外专家的学术交流,对中国系统科学与数理科学领域的发展在国际数学界的传播起到了巨大的推动作用。
1998 年中文版每期改为 128 页。 2000 年英文版每期改为 112 页。
2000 年《系统科学与数学》中文版获中国科学院优秀科技期刊三等奖。
2001年1月,为进一步突出系统科学特色,并着眼于新兴的复杂性科学的巨大发展前景,英文版改名为“Journal of Systems Science and Complexity”(ISSN 1009-6124;国内刊号为CN 11-4543/O1,中文刊名为《系统科学与复杂性学报》(英文版)),并成立新一届编委会,每四年一届,在系统科学研究方面卓有成就的郭雷院士担任新一届编委会主编。《系统科学与复杂性学报》(英文版)(简称为JSSC)更加集中刊登系统科学,系统工程,系统控制,系统运筹,系统统计,复杂系统与复杂性科学等方面的文章。新一届编委会大大增加了国际编委的人数,一半以上是海外知名的数学家,成为期刊发展的强大支撑和推动力量。
2003 年中英文版每期都改为 144 页。
2004 年 10 月份,《系统科学与数学》成立了第五界编委会,陈翰馥院士仍任主编。 2005 年起《系统科学与数学》由季刊改为双月刊,页码为128页/期,2007年页码增加至160页/期。为扩大刊文量以缩短出版周期,加快稿件的发表速度,2008年起再次更改刊期,由双月刊改为月刊。《系统科学与复杂性学报》(英文版)也在 2005 年 9 月份成立新的编委会,并从 2006 年起转由 Springer 集团出版,2007年成功被SCI扩展版收录。
《系统科学与数学》和《系统科学与复杂性学报》(英文版)将加快发展步伐,更快更好的传播国内外系统科学研究方面的最新创造成果,并将在系统科学界发挥更大的作用。
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